จากความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย กรมทหารพรานที่ 49 ได้เปิดรับผู้ปฏิบัติงานในพื้นที่จังหวัดนราธิวาส เพื่อทดแทนอัตราที่ขาดในสังกัด โดยในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2560 ได้มีการฝึกอาสาสมัครทหารพรานทดแทนของหน่วย 78 นาย[44] รวมถึงในเดือนตุลาคม ของปีเดียวกัน มีผู้ผ่านการคัดเลือกเป็นอาสาสมัครทหารพราน 109 นาย[45]

นอกจากนั้น กองร้อยทหารพรานที่ 4904 ยังได้ให้การฝึกแก่กำลังประจำถิ่น (อส.) และกำลังประชาชน (ชรบ.) ซึ่งจัดขึ้นเป็นครั้งแรก ตั้งแต่เดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2561[7]